2024年4月11日木曜日

Python でSPLASH

MassBank レコードにはSplashというスペクトルに対するユニークなタグを付与する必要があります。


手作業で作成するときは下記のEnter Your Spectraで作成できます。


https://splash.fiehnlab.ucdavis.edu/


複数のファイルにSplashをPythonで一括付与するには、スペクトルデータからSPLASHを生成するPythonライブラリ pySPLASH をインストールします。Windows上での使い方を示します。

0. Anacondaがインストールされている前提です。

1. 下記のページに行く。

 https://github.com/berlinguyinca/spectra-hash/tree/master/python




2. Installation の下の「source code (ZIP)」をクリックしてZIPファイルをダウンロード

berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2.zip

というファイルがダウンロードされる

このファイルをここではPipelineフォルダにコピーしてます。


3 berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2.zip

をWindowsの機能で解凍する。

.\Pipeline\berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2\berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2\


4 Window メニュー=>Anaconda3 (64-bit)=>Anaconda Prompt (Anaconda 3)

を選択


5. 次にPipelineフォルダに移動する。


6. インストールフォルダに移動

C:\Pipeline>cd b

ここまで入力したらタブを押すと

C:\Pipeline>cd berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2

と補完されるのでリターン

最終的に下記に移動

C:\Pipeline\berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2\berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2>cd python

7. ここでpython setup.py installと入力

C:\Pipeline\berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2\berlinguyinca-spectra-hash-174fbf2\python>python setup.py install

これでpySPLASHがインストールされる。


8. 使い方


from splash import Spectrum, SpectrumType, Splash

# スペクトルデータ準備

# [(float m/z , int intensity),(float m/z , int intensity),(float m/z , int intensity)...]

spec = [(68.049498, 14), (70.065138, 999)]

spectrum = Spectrum(spec, SpectrumType.MS) splash = Splash().splash(spectrum)

print(splash)


>splash10-00di-9000000000-f8fa78114da5712d6bf9


と作成できます。



2024年3月8日金曜日

万物の黎明は人類史と読者の世界観を根本からくつがえす

「万物の黎明 人類史を根本からくつがえす」(デヴィッド・グレーバー, デヴィッド・ウェングロウ, 訳:酒井隆史、光文社)を読んだ。楽しい時間が長く続いて幸せだった。日本の歴史学習漫画などでは、縄文時代は少人数のバンドで遊動的な狩猟採集生活を行い、階層のない素朴な社会でした。ところが農耕が伝播すると、生産性が向上して、富の集積が起こり、争いと身分と国家があっという間にできました。というストーリーが語られる。このストーリーには批判が出てきていた。はたとえば、以前読んだジェームズ・C・スコットの「反穀物の人類史――国家誕生のディープヒストリー」では、考古学的な証拠をティグリス=ユーフラテス川流域では、農耕が始まってから、国家の形成までに4000年かかっており、何が起きていたのかはわからないが、これまでのストーリーでは説明がつかないことを指摘していた。「万物の黎明」では、近年の考古学的な知見を横断的に集積して、これまでのストーリがほぼ全部違うというちゃぶ台返し、さらには、そのストーリーが含意する政治的なバイアスを暴き出すことで、もう何か全部粉砕してしまってくれている。本書を受けて、我々は、もはや、現在、過去、未来の社会について、合目的、進化的ストーリーで語ることも、擁護することも、批判することすらできなくなってしまった。サピエンス全史などは、もう完全に吹っ飛んでしまった。

本書は、17世紀のアメリカでおこなわれたキリスト教伝道師とネイティブアメリカンとの対話で、ネイティブアメリカンがヨーロッパの社会の専制性、不平等性、残虐性に対する根本的な批判を行い、それが、伝道記を通じてヨーロッパ社会に伝わり、自由、平等、博愛を掲げたフランス革命につながったことを指摘する。つまり西洋は自由、平等、博愛という概念をネイティブアメリカンの社会に教えてもらったらしい。本書は、その後、初期の人類社会では、様々な形態(専制的だったり平等だったりする)社会が生まれては変化してゆく、動的でとにかく多様であったことを、これでもかという考古学的な実証を踏まえて示し、その過程で、上記のストーリーに出てくる要素が一つ一つの粉砕されていく。ネイティブアメリカンの社会は、特に、専制的な社会の出現と消滅を経験した教訓から、かなり意識的に階層を作らない仕組みを、相当な試行錯誤を経て作り続けてきていたようだ。では、これと同じことは我々にもできるはずである。現行の社会は歴史的な必然でも社会進化の最前線でもない。われわれは自分たちの意思とコミュニケーションを通じて、自由、平等、博愛を実現する社会を構築できるはずだ。と力強く読者の背中を押してくれる。本書の最後では、平等な関係に対称性が生まれるメカニズムに関して、社会的な弱者を実力者が庇護してきた点との関連を指摘しているが、詳しくは述べられていない。このテーマは、日本中世社会を、社会的弱者の聖性が失われ被差別民となっていく画期として描いた網野善彦の仕事に通底するように思えるが、網野はそのメカニズムは述べていない。このテーマをおそらく深堀するはずだった、デビット・クレーバーの次回作が読めなくなってしまったことが残念でならない。

3/13追記:「万物の黎明」は石器時代の人類が残した世界各地の遺構を発掘して得た考古学的最新知見を縦横無尽に逍遥してゆく。ただ、本文中に図版や写真が少なく、いまいちイメージがわきにくい。読みながらWikipediaやGoogle Map現地の様子や、出土品の写真を見ながら読み進めると、より、楽しく読めた。「万物の黎明」にでてくる遺跡などの写真を集めた、ビジュアル「万物の黎明」ガイドみたいな本があったらいいのにと思う。




2024年2月5日月曜日

ソファークッション交換

ぼろいソファーの座面のスポンジを交換しました。みるからに安物の布張りソファーで座ると、クッションがほとんど効かずに底打ち感がします。以下経験談です。

・木枠とスポンジを包む布は木枠にタッカー(ホチキスの針のごついやつ)で固定されています。木の枠に沿ってこれでもか―という数のタッカーが使われていました。はじめはホチキスの針外しを使っていたのですが、らちがあきません。そこで、救いを求めて近くのコーナンに行ったところ、こんな感じのタガネを見つけました(700円くらいだったはず)。これでタッカーの下にトンカチで打ち込んで、すこしタッカーを浮かせた後、ラジオペンチでねじり抜く。という方法でさくさく抜けるようになりました。

・スポンジはオンラインの「スポンジ専門店ソフトプレン」で買いました。HPでサイズを指定して発注すれば、数日後には届きます。注意点は容積が最低10Lという縛りがある点です(同じスポンジ、同じサイズなら複数個合わせて10L )。一人用ソファーの座面でぎりぎりでした。スポンジは固めとやわらかめの2層構造にすると、底打ち感が少なくなります。ネット通販はサンプルがないので、不安になりましたが、今回は、えいやあと下記の組み合わせにしました。送料込みで総計¥ 6,270でした。

少し硬めのウレタンチップスポンジ-希望サイズ販売-
 【4cm X 50cm X 53cm / 1個】単価:¥ 130/L
低反発ウレタンスポンジ-希望サイズ販売-
 【3cm X 53cm X 73cm / 1個】単価:¥ 330/L
送 料 ¥ 880

・スポンジどうしを張り合わせるには、スプレーのりを使います。調べたところ、スプレーのりもいろいろ種類があるようですが、コニシボンドスプレーのりZ3を多くの方が使っているようでしたのでアマゾンで購入。使用前に購入したスポンジの端にスプレーして溶けない確認。このスプレーは、スプレーが縦に広がるタイプで、平面に均一に塗るのに適しています。スポンジを張り合わせたら上から板とおもりを載せて圧着させます。今回はこたつの板の上に座布団を敷いてその上に座ってテレビを見てました。

・あとは組み立ててです。外した布をかぶせて、タッカーを打ってでガンガン固定します。今回は家にあったダイソーのタッカー(300円)と針(100円?)を使いました。木枠が固いのか、針が安物なのか、奥までびしっとなかなか打ち込めなかったので、出っ張った場合はハンマーで叩いてならしました。

・タッカーを打ち終えたら、カバーをかぶせて組み立てて完成。低反発ウレタンスポンジを使ったので座った瞬間は固めの印象ですが、じわっとフィットしてよいすわり心地になりました。あの時、ニトリで新しいソファーを衝動買いなくてよかった、、

・本記事の情報は個人の感想です。ご自身で試される場合は自己責任で。

2024年1月8日月曜日

下新庄駅改築方法

阪急京都線と千里線が交差する淡路駅周辺では高架化工事が進んでいます。事業開始は平成9(1997)年で15年後(2012年完成)の完成を予定していたそうです。が、用地取得が遅れに遅れたらしく、平成15年度に8年(2020年完成)、27年度に7年(2027年完成)、さらに令和5年春には、さらに4年遅れると公表され、現時点では令和13年(2031年)完成予定と、当初予定より20年近く遅れていることが新聞でも話題になっていました。ずっと後から工事を始めたなにわ筋線も2031年春の開業を目指しており、このままだと抜かれそうな勢いです。すでに淡路駅周辺に巨大な高層構造物が出現しているにも関わらず、一向に完成しないことから「アワジダ・ファミリア」などと呼ばれてしまっています。

大阪市のHPにある平成29年3月の「事業再評価調書」には、工事の進捗状況が紹介されており、図4の「阪急電鉄京都線・千里線連続立体交差事業 未取得用地箇所図 」によると、土地取得が最後まで難航したのは、下新庄駅東側であったようです。このため、素人目にも下新庄駅の工事が一番遅れているように見えます。しかし、ここ1-2年の間に土地取得が進んだようで、2024年1月現在、更地になっています。これを踏まえて2023年春に2031年完成予定と発表したとすると、下新庄駅の改築にあと6-7年は必要なようですが、そんなに時間がかかる複雑な工事なんでしょうか?

そこで、今の下新庄駅の工事状況を見てみると、どうやって改築するのかがよくわからないのです。下新庄駅は下町のど真ん中にあり、南北に延びる相対式ホーム2面2線からなります。西側は並行して狭い道路が走っており、ほとんど土地はありません。東側には、駅と並行して取得した用地があります。南側には、踏切一つ挟んで東海道新幹線が東西に走り、北側には踏切があります。かなり手狭な印象です。

2024年1月現在、

・東側の用地が更地になっている。

・淡路方面(南)行のホームが淡路(南)側に延伸し(ずれた)、北端の空いたホームには、建物が建設されている。

・淡路方面行のホーム(東側)の外側に高架駅を支える列柱ができ始めている。

・北千里方面(北)行のホームが北千里方面(北)に延伸した(ずれた)。

・ずらして空いた、北千里方面行のホームの南端が取り壊され、空いた土地で、北千里方面行のホーム(西側)の外側に柱が3本でき始めている。

しかし、

・駅の北側に踏切があるため、北千里方面行のホームをこれ以上、北にずらすことはできなさそうである。つまり、これ以上、西側の柱を作る工事ができない。

・この問題を解決するには、東側の用地に仮設線路と仮設ホームを建設し、現在の線路とホームを撤去するしかないように思える。

・しかし、駅南側の新幹線高架との間にはすでに高架線の柱の建設が済んでおり、下新庄駅ホーム南端とのすきまはそれほど広くなく、仮設線路を引き回せるのかわからない。

・ネット上で調べても下新庄駅の改築方法を説明した資料はみつからない。

ということで、下新庄駅をどうやって改築するのか?という疑問は解決せず、ずっともやもやしていました。

そこで、現地に行けばきっと何かわかると考え、2024年正月明けにヒマに任せて下新庄駅まで情報収集に行ってきました。

まず、東側の工事現場壁に掲示された「住民のみなさまへ 作業のお知らせ」とみると、「下り仮ホーム工」「仮ホーム工事」といった工事が行われているようです。やはり仮設線路をつくるのでしょうか。


さらに下新庄駅改札前に掲示された資料をみると、ありました。「②下新庄駅部計画断面図」では、青で書かれた「現在上り線、現在下り線」がオレンジで書かれた高架構造の内側を走っているのに対し、緑で書かれた「1次仮下り線」が右側(東側)の柱の外側に描かれ、さらに、乗降用の仮ホームが、右側(東側)の柱を囲うように島式で作られるようです。また、「2次仮上り線」は、現在下り線をそのまま使うのではなく、高架構造のど真ん中を通るように仮設線路を設置するようです。




となると、ホーム南端では狭い隙間を縫うように、「1次仮下り線」を東側に出す必要があります。この部分は相当タイトなので本当にできるのかなと見に行くと、すでに淡路方面行ホーム南端(延伸した仮設ホーム)の外側に「1次仮下り線」を引くための地盤が作られていました。写真ではわかりませんが、外側に見えるコンクリートの柱の並びをみると、無理ないカーブで取り廻せるようです。




しかし、現状では、南側にずらして延びた仮設ホームと干渉しているため、ここに「1次仮下り線」を通すには、ホームをもう一度北側(北千里方向)にずらして戻す必要があります。ずらすのに必要な、ホームが北側にできているのではないかと見に行くと、ありました、おそらく仮駅の駅舎部分となる構築物の線路側にホームになりそうなデッキが作られています。



また、淡路方面行のホームから駅の北側をみると、高架橋の東側(右側)に作られた仮設線路が見えます。いまは踏切のあたりでうねっていますが、2次仮上り線ができると、仮設線路の上り線とまっすぐにつながりそうですね。しかし、それには、踏切上の線路も付け替える必要があります。そのための、「住民のみなさまへ 作業のお知らせ」にあった「下新庄踏切試掘」工事なんでしょうか。




現地に行けばいろいろわかるというのは本当でした。

おそらく下新庄駅の工事は

1.淡路方面行ホームを南にずらす

2.淡路方面行ホーム(=仮島式ホーム)北側の駅舎などを建設する

3.高架駅の東側の柱を立てる。

4.淡路方面行ホームを北にずらして、1次仮下り線を通す隙間を作る。

5.仮島式ホーム東側、1次仮下り線をつくる。

6.現在の下り線を1次仮下り線に付け替える。

7.現在の下り線を撤去する。

8.仮島式ホーム西側をつくる。

9.現在の(北千里方面)上り線路を、2次仮上り線にずらす。

10.現在の(北千里方面)上りホームを撤去

11.高架駅の西側の柱を立てる。

12.高架駅を作る

というような段取りで進むのではないでしょうか。この段取りの2番目を実施するための用地取得が遅れてしまった結果、現在2,3のあたりまでしか工事が進んでいません。また、さらに、このようなややこしい工事をあの狭い敷地で実施するのだから、時間がかかるのも仕方ないですね。ぶっちゃけ、下新庄駅をしばらく閉鎖するとか(淡路に近いし)、7、8両目のホームがなくても我慢する(京急は常態でそうなっている)など工夫すれば、1年くらい工期が短縮できるような気もしますが、なかなかむつかしいのしょうね。

とくにこの工程の内、問題は、9.であります。2次仮上り線の2次が何を意味するのか不明ですが(1次仮上り線というのが中継ぎ的につくられるのかもしれない)、2次仮上り線は現行の上り線、下り線と干渉するため、別に作ってから切り替えることができません。このため、ひょっとしたら先日の渋谷駅の工事のように、1-2日運転を休止して、線路を横にずらす作業が計画されているのかもしれません。千里線は平行線がなく、しかも関西大学、阪大の通学路線なので、土日、夏休み、冬休みなどに短期間で行ったりするのでしょうか。困難な工事を進める関係者皆様に敬意を表しつつ、今後も下新庄駅の工事に注目していきたいものであります。


2023年11月30日木曜日

医情工連携シンポジウム - バイオDX人材はどこにいる?

松田の関与する大阪大学国際医工情報センターでは、バイオDX人材にむけ

医情工の連携による取り組みを行っています。その一環として下記シンポジウムを

実施します。ぜひ皆様のご参加をお待ちしております。



 ■医情工連携シンポジウム - バイオDX人材はどこにいる?


日時: 12月11日(月)17:00-19:00
場所: 大阪大学 銀杏会館 阪急電鉄・三和銀行ホール
開催形式: 現地開催のみ
懇親会: 19:00より同会館ミネルバにて(参加費無料)
参加登録:https://forms.gle/mcYbzLnmZC3Rcrzj7

主催:大阪大学国際医工情報センター/情報科学研究科
共催:大阪大学先導的学際研究機構DX社会研究部門

趣旨:バイオDX人材へのニーズが社会的に高まっており、医情工の連携による取り組みが求められています。
     そこで、「阪大内において、どのようなニーズがあるのか?」「養成の取り組みがあるのか?」
     「バイオDX人材はどのように養成されたのか?」を俯瞰するシンポジウムを開催します。
演題:
・バイオDX人材とはだれか?なぜいないのか?
     松田 史生(情報科学研究科バイオ情報工学専攻・教授)
・国際医工情報センターの取り組み
     岡山 慶太(国際医工情報センター・講師)
・乳腺内分泌外科医が情報科学研究科で博士になってみた。
     草田 義昭(医学系研究科・乳腺内分泌外科・助教)
・医学系・生命系との共同研究の面白さと難しさ
     瀬尾茂人(情報科学研究科バイオ情報工学専攻・准教授)
・DX人材はどう育ったか
     山岡 悠(情報科学研究科・博士後期課程/株式会社GramEye技術開発部部長)
・学生が医療機器スタートアップを始めるとどうなるのか?
     平岡 悠(株式会社GramEye・代表取締役社長)

2023年8月31日木曜日

 「平治の乱の謎を解く 頼朝が暴いた完全犯罪」(桃崎有一郎、文春新書)を読んだ。

源頼朝は1190年に上洛した時に、摂政の九条兼実と密談を行い、こう言ったらしい。

義朝の逆罪、是れ王命を恐るに依てなり。逆に依て其の身は亡ぶと雖も、彼の忠又た空しからず。「父の義朝は忠義の心で、天皇の命令通り挙兵したが、天皇の裏切りで反逆扱いされ、殺された」

この本の筆者、桃崎有一郎氏はこれを読んで、「ああ、平治の乱とは、そういうことだったのか、、」と、膝ポンというか、目からうろこが落ちるというか、なるほどー、という瞬間を迎えたらしい。これは、ある謎について長年考え抜いた人(=研究者など)に時々訪れる至福の瞬間である。通説でも70%くらいは現象が説明ができなくもないが、いろいろな細部がしっくりとこないことにどうにも引っ掛かってしまい、あーでもない、こーでもない。といろいろ考えていると、ある時突然、その人だけにわかるヒントが開示され、より包括的に現象の説明が可能にある新たな仮説が生まれる。これは、優れた探偵小説にも似ている。警察による事件の筋書きに、どうしても納得できず、あれこれといろんな可能性を調べていくうちに、些細なことから、警察の筋書きが見落としていた真相が見えてくる。というものである。

桃崎有一郎氏はこの楽しさを読者と共有したく、歴史書としては極めて異例な構成を本書に採用した。まず、前半に平治の乱の事実関係を述べ、後半に真犯人を述べる解決編と、新たな仮説から見た平治の乱の再解読が行われる。この内容は例えばWikipediaの「平治の乱」とは全く異なる。私は歴史の専門家ではないので、桃崎説が正しいかはわからないが、その謎解きの過程は、きわめて魅力的で面白い、今年一番の読み物であった。

もともと、一般向けの歴史書には謎解き要素が強い。黒田日出夫氏の「国宝神護寺三像とは何か」(角川選書)や「謎解き洛中洛外図」(岩波親書)は、それぞれ、40代の人が小学生のころ「源頼朝」像と習ったイケメンが実は別人ではないか?上杉本洛中洛外図を書かせたのは誰か?という謎に解決を与えた研究過程が紹介されており、わくわくしながら読んだ。

「平治の乱の謎を解く」はより、大胆に本格ミステリの様式を歴史書に取り入れている点がすごい。しかし、いわゆる史学プロパーの他の研究者はこれをどうとるかが心配である。オカタい人達ではないとよいのであるが。

一方、これを発展させて、歴史を踏まえた本格ミステリの歴史探偵ものも作ってみるというのはどうだろうか。。時間を超えた捜査の後、探偵が時空を超えて、義朝、信西、二条天皇、後白河などの関係者を一か所に集めて、事件を解説し、犯人はあなただ!とやる。あれである。そもそもお話として面白いし、子供は歴史と歴史に興味を持つし、いいことづくめのように思える。

さらに調子に乗って同じ筆者の「「京都」の誕生 武士が造った戦乱の都 (文春新書)」「京都を壊した天皇、護った武士: 「一二〇〇年の都」の謎を解く (NHK出版新書)」を続けて読んだ。旅先でもkindleで本が買えるのは大変助かる。いずれも、摂関期末期から院政期、平氏台頭のあと、鎌倉幕府成立、建武の新制、南北朝時代の間で、検非違使がどういう経緯で来たのか?武士が政権の中心に進出した過程は?といった政治制度やその背後の価値観の変遷を一般向けに分かりやすく説明したもので面白かった。


2023年7月14日金曜日

MassBank入門 BMS2023参加者の皆さん向け


MassBank入門アンケート+練習用スペクトルデータは下記より取得してください。

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScNx6O-Z69WBfcTLWJVVCEGKX3bILK4k0oIPq4Aui0_CWKywA/viewform


スペクトル検索(Peak List)コピペ用1


89.0386 390
89.0880 108
117.0336 289
135.0445 308
145.0289 290
163.0393 999
163.1061 260
181.0501 46


やってみよう

・アミノ酸のMS2スペクトルを比較し共通点がないか探してみる。ヒント:アミノ酸の構造の共通点は?


参考資料