Omix Visualization

一次代謝の研究をしていると、代謝物量、遺伝子、酵素発現量、代謝フラックスなどの実測データを代謝パスウェイ上にヒートマップとして可視化したくなります。そこでVANTEDやCytoscapeなどのグラフ（ネットワーク）可視化ソフトウェアを流用して、代謝経路を表示していました。がしかし、もともと、グラフ解析用のソフトウェアなので、代謝経路を取り扱うのには無理がありました。こういうことがしたいんです。

・代謝物ノード間に矢印で反応を表現する。これはグラフ解析用のソフトウェアでできます。
・２基質反応を表現するために、２個のノードとノードを繋ぐ複合矢印を１つのオブジェクトとして取り扱いたいです。これはグラフ解析用のソフトウェアではムリです。
・さらに、酵素、遺伝子発現量を取り扱うために、代謝物ノード間の矢印の横に、さらに酵素、遺伝子発現量を表示するノードをぶら下げたいのです。矢印を動かしたらそのノードもつられて動く。とうのが素敵です。これもグラフ解析用のソフトウェアではムリです。

代謝専用のオブジェクト塗り絵ソフトがあればいいなー。とおもっていたら、ASMSで見つけました。Omix Visualizationです。どうもドイツのフラックス解析の巨匠Wolfgang Wiechertのところで学位をとったDr. Peter Drosteが学位論文？かなにかで作ったソフトウェアをもとに立ち上げたベンチャー企業の製品。のようです。みたところ、これこれ、こいうのがほしかったのと言うのが全部出来る感じなうえに、FBAとか動的モデリングもプラグインで実行できるみたいです。自分でプラグインも作れるらしく、１２ヶ月使用権のアカデミックライセンスが189.9ユーロ。。これは自腹で買っちゃて人柱になれってこと？もしすでにお使いの方がおられましたらぜひ、感想などお聞かせ願いたいです。

メタボロミクス集中講義＠静岡大学

12/26,27と２日間、静岡大学理学部の瓜谷 眞裕先生にお招きいただき集中講義を開講しました。

講義：メタボロミクス

目的：代謝を包括的に解析するための技術の基礎と応用法を理解する。

内容：メタボロームとは、生体中に含まれる代謝物の総体のことである。メタボロームには遺伝的な要因にくわえ、環境からの影響も反映することから、有用な表現型として活用されている。
代謝物の定量分析に用いる機器分析法の基礎を学び、取得したデータから細胞内代謝を理解するための方法論を学ぶ。

1. メタボロームとは？ 代謝を調べることでどんなことがわかるのか概観します。
2. 代謝物分離法の基礎　クロマトグラフィーの基礎を学びます。
3. 質量分析の基礎　質量分析法の基礎を学びます。
4. メタボロームデータの解析法の基礎　メタボロームデータの解析に用いられる多変量解析の基礎を学びます。
5. メタボローム研究の実例　メタボローム分析を活用した研究の実例を紹介します。
6. メタボロームと他のデータをつなげる　メタボロームデータを活用した生命現象の理解について議論します。

計20名弱の３年生と４年生が十三ションベン通りを例にしたクロマトグラムの説明に始まり、出芽酵母一次代謝の安定化機構に関する謎解きまで、２日間真剣に参加してくださりました。（静岡土産にすいせんしてくれた「こっこ」は大変美味でした。）
レポートの提出期限はH29/1/7ですので、がんばってください。