Omix Visualization

一次代謝の研究をしていると、代謝物量、遺伝子、酵素発現量、代謝フラックスなどの実測データを代謝パスウェイ上にヒートマップとして可視化したくなります。そこでVANTEDやCytoscapeなどのグラフ（ネットワーク）可視化ソフトウェアを流用して、代謝経路を表示していました。がしかし、もともと、グラフ解析用のソフトウェアなので、代謝経路を取り扱うのには無理がありました。こういうことがしたいんです。

・代謝物ノード間に矢印で反応を表現する。これはグラフ解析用のソフトウェアでできます。
・２基質反応を表現するために、２個のノードとノードを繋ぐ複合矢印を１つのオブジェクトとして取り扱いたいです。これはグラフ解析用のソフトウェアではムリです。
・さらに、酵素、遺伝子発現量を取り扱うために、代謝物ノード間の矢印の横に、さらに酵素、遺伝子発現量を表示するノードをぶら下げたいのです。矢印を動かしたらそのノードもつられて動く。とうのが素敵です。これもグラフ解析用のソフトウェアではムリです。

代謝専用のオブジェクト塗り絵ソフトがあればいいなー。とおもっていたら、ASMSで見つけました。Omix Visualizationです。どうもドイツのフラックス解析の巨匠Wolfgang Wiechertのところで学位をとったDr. Peter Drosteが学位論文？かなにかで作ったソフトウェアをもとに立ち上げたベンチャー企業の製品。のようです。みたところ、これこれ、こいうのがほしかったのと言うのが全部出来る感じなうえに、FBAとか動的モデリングもプラグインで実行できるみたいです。自分でプラグインも作れるらしく、１２ヶ月使用権のアカデミックライセンスが189.9ユーロ。。これは自腹で買っちゃて人柱になれってこと？もしすでにお使いの方がおられましたらぜひ、感想などお聞かせ願いたいです。