2019年9月22日日曜日

SBmapの使い方その1 基本編

0.準備
・Multi-omics Analysis Gadget Packをインストール

・下記の2ファイルをhttps://github.com/fumiomatsuda/blankmapsから入手する。

  1. LabSolution出力のダミーファイル ./sample_files/DummyData_LabSolwithID.csv
  2. 白地図 ./SBmap07_cancer metabolism/SBmap07_190904_withIDs.gml(190904は最新の日付のものを選ぶ)

1. Garuda Dashboardを起動する
これがGARUDAの基本画面。並んでいるのがガジェット(スマホのアプリに相当)


2. Shimadzu MSdata Importを左クリック (左下の矢印が交差しているやつ)
こういうのが起動する。


3. データを読み込む
LabSolution, Insight由来のデータなら
File=>Metabolome=> Insight, LabSolution
で読み込むファイルを選択。


練習用のダミーファイルを
DummyData_LabSolwithID.csv
を読み込むと下記のようになるはず。
ここで(Sample Name)(time course)行を編集すると実験の構造を記述できるが今回は無視(同じサンプルのSample Nameを同じにする。time courseに数字を入れると時系列データとして認識される)


4. 右上のDiscoverボタンを押す
データを送り込めるガジェットのリストが出るので、Multiomics Data Mapperをダブルクリック


5. Multiomics Data Mapperが起動し、しばらくすると、Shimadzu Multi-omics Data にデータが読み込まれるのでそれまで待つ


6. 白地図を選択
左上近傍のPathway GML Fileをダブルクリック。「開く」ダイアログで白地図ファイルを選択
今回はSBmap07_190904_withIDs.gmlを使った。


7. 実行
右下のLaunch
を押すと、なにやら表示が出て左上のタブがOutput Filesに切り替わり
output.gml が生成している。


8. マップの表示

output.gml が表示されている状態で右上のDiscoveryを押す。データを送り込めるガジェット一覧が表示されるのでVANTEDをダブルクリック。
VANTEDが起動し、しばらく待つとファイルが表示される。最初はウィンドウが小さいので、ウィンドウを適宜広げるとデータ投影済みマップが表示される。




2019年8月26日月曜日

第164回 質量分析関西談話会、第16回MSSJ質量分析技術者研究会プログラム


164回 質量分析関西談話会、第16MSSJ質量分析技術者研究会プログラム
災害に強いマスづくり&関西若手の活躍

20191123日(土)1300分~
会場:島津製作所関西支社マルチホール (会場定員60名)
大阪市北区芝田1-1-4 大阪梅田 阪急ターミナルビル14階 電話06-6373-6522
JR大阪駅ホーム北側に隣接するビルです。阪急17番街のエレベータで14階までお越しください。)
交通アクセス
https://www.shimadzu.co.jp/aboutus/company/access/kansai.html

多くの災害が起きています。人命を最優先とするのはもちろんですが、質量分析装置に被害が出るのも避けなくてはなりません。そこで、災害に強い環境の構築を目指して、最近の事例に学び、効果的な対策法の情報交換を行いたいと思います。また、関西若手のチャレンジの成果を皆さんと共有しましょう。多くの方の来聴を歓迎します。

講演プログラム:
災害に強いマスづくり
13:0013:45:「北海道地震から得た教訓(仮)」
岡 征子(北海道大学創成研究機構)
13:4514:30:「大阪北部地震の教訓、効果的な対策法の提案」
質量分析関西談話会、MSSJ質量分析技術者研究会、メーカーより話題提供
飛び入りの話題提供歓迎
14:3015:00:「総合討論」
15:0015:15:休憩

関西若手の活躍
15:1515:55:「科学捜査への質量分析の活用(仮)
中野史保子(大阪府警科学捜査研究所)
15:5516:35: 「病院薬剤部にて質量分析をTDMに生かす:業務紹介と臨床現場ならではの問題点」
新名主カオリ 様(国立研究開発法人 国立循環器病研究センター 薬剤部)
16:3516:15:「プロテオミクス研究支援の現場から〜面白い研究のためにできること」
中川れい子(理化学研究所 生命機能科学研究センター)

参加費:無料

参加申込み:
参加希望の方は、(1)氏名、(2)所属、(3)メールアドレス、(4)日本質量分析学会
会員/非会員の別を添えて、下記メールアドレスにお申し込みください。
kansai17_%_mssj.jp (送信の際は、_%_@に変えてください)

関西談話会世話人代表 松田史生(大阪大学)

世話人:三宅里佳(大阪大学)、片木宗弘 (大阪府警)、松田 史生 (世話人代表、大阪大学)

2019年8月2日金曜日

市販の血清、血漿調査

気になったので市販の血清、血漿を調べてみました。

・コージンバイオ株式会社
正常ヒト血液、血清、血漿

Ex. 正常ヒト血清・プール 100ml 31,500円

・Rockland Immunochemicals Inc.
sterile serum or plasma
Ex. Sterile Human Plasma In ACD $1225

・Lee BioSolutions, Inc.
Human (Blood-Derived)
Ex. Normal Source Plasma 1L $767
Ex. Human Plasma Sample/Specimen 100 G ¥282,000

・George King Bio-Medical, Inc.
かなりコントロールされた条件で取得された血漿を販売
Ex. Pooled Normal Plasma 5*1mL 12,000

・株式会社ケー・エー・シー
血液・体液
特長 薬物ヒト血中濃度測定等の研究に

  • インフォームドコンセントの得られたドナーからの血液を用いて調製されています。
  • ドナーの条件指定がオプションで可能です(性別、年齢など)。
  • 各種疾患患者 (各種癌、糖尿病、リウマチ、高脂血症 等)由来の血清も入手可能です。
  • 処理を施したヒト血清の供給が可能です (不活化、ろ過滅菌、脱脂、活性炭処理)。
  • イギリス在住の日本人由来血清が入手可能です(BioIVT社)


Ex. CTSER018-J Human serum, single donor, Japanese ご照会
細胞.jpによると \30,000/20mL, \55,000/50mL。

・東京未来スタイル
ヒト由来サンプル

弊社検体の特徴

  • 欧米数社のネットワークを駆使し、常時数万検体の検索が可能です。
  • 1ml から、数十リットルまで、シングルドナー(個別ドナー)からプール検体まで対応可能です。
  • 年齢別、性別等、各種受託パネルの作成が可能です。
  • 採血時に血圧を測る、既往歴のインタビューなど、さまざまなリクエストにお答えできます。
  • 健常人検体については、すべてFDAにより認可された方法により、以下のウイルスマーカーを測定し、陰性であるという確認が取れています。
  • すべての検体は、IRBの規定に基づき、ドナーにインフォームドコンセントを行ったうえで採取されたヒト由来サンプルです。
  • この事項に関するオーソライズされた証明書 (Certificate) を、各サプライヤー名義で提出いたします。

詳細は不明

・キシダ化学株式会社
各種血清
●血液型の指定、性別、年齢、採血日表記など対応可能です。
 ●ヒト由来製品は全て米国・EU から輸入しております。

・REPROCELL
ヒト血液・血漿
現在、4大陸、700の医療機関、120,000名以上の患者様より採取された60万個以上のヒトDNA、組織、血清サンプルをストックしており、アカデミア、企業の研究者様にご提供しております。

上記ストック分以外にも、提携医療機関とのネットワークを駆使し、ご希望の生体試料を収集することが可能です。

・日本赤十字社
新鮮凍結血漿-LR「日赤」
処方箋医薬品

・株式会社ベリタス
いろんなメーカー製品の商社
生体試料のカタログ

・産総研
血清標準物質
Ex コルチゾール分析用ヒト血清(3濃度レベル)

多項目実用参照物質の国際標準化に向けて
平成25年度日本臨床検査標準協議会(JCCLS)学術集会 (2013年9月、東京都)
臨床検査用の答え合わせ用参照物質となる血清を開発した話
施設間誤差 n=121がすごい。
MaCRMというようだ。
こんな記事もある。

ほかにも情報のタレコミお待ちしております!

松田







第163回 質量分析関西談話会:質量分析の臨床実装に向けた動向


163回 質量分析関西談話会

日時:
201983日(土) 1300分~1600分ころ
島津製作所関西支社マルチホール (会場定員60名)
主題:
大阪市北区芝田1-1-4
大阪梅田 阪急ターミナルビル14
JR大阪駅ホーム北側に隣接するビルです。阪急17番街のエレベータで14階までお越しください。)
電話06-6373-6522
交通アクセス
https://www.shimadzu.co.jp/aboutus/company/access/kansai.html


主題:質量分析の臨床実装に向けた動向

20173月に質量分析器が初めて薬機法(医薬品、医療機器等の品質、有効性および安全性の確保等に関する法律)で正式に医療機器として承認され、20184月の診療報酬改定では病原微生物の迅速同定に質量分析を用いた場合に質量分析加点が認められるなど、質量分析の臨床実装が着実に進んでいます。質量分析を用いた臨床検査には、同一試料から複数の項目の検査が可能である点、抗体に依存しない測定系である点などのメリットがあり、今後、臨床化学の領域においても活用が進むことが期待されています。本談話会では、既に臨床で活用されている新生児マススクリーニング、最新のがん検査法、臨床での質量分析標準化に向けた動向について共有し、今後の課題と展望について皆さんと議論できればと考えています。

講演プログラム
13:0014:00:重松 陽介(福井大学医学部)
新生児マススクリーニングの歴史と課題
14:0015:00: 坂入 実(日立製作所)
尿中腫瘍マーカーの解析ーその技術的背景と現在の研究状況についてー
15:0015:15 休憩
15:1516:15: 佐藤 守(千葉大学医学部付属病院)
質量分析検査標準化ワーキンググループ(WG)の動向

参加費:
無料

参加申込み:
参加希望の方は、(1)氏名、(2)所属、(3)メールアドレス、(4)日本質量分析学会
会員/非会員の別を添えて、下記メールアドレスにお申し込みください。
kansai17_%_mssj.jp (送信の際は、_%_@に変えてください)

関西談話会世話人代表 松田史生(大阪大学)


世話人:大川 友之(塩野義製薬)、井上 則子(東和薬品)、渡辺 淳(島津製作所)、松田史生(大阪大学)

2019年6月10日月曜日

出張のお供

 今回の出張のお供は「観応の擾乱」(中公新書、亀田俊和 著)と「社会学史」 (講談社現代新書、 大澤 真幸著)だった。

 網野善彦の「日本社会の歴史」(岩波新書)を読み直すたびに感じるのは、南北朝期から室町初期におけるすったもんだがわけわからないという点である。「観応の擾乱」では将軍足利尊氏と弟の足利直義、尊氏の執事高師直がどのような権力を握り競合していたのかが解説され、とても面白かった。

背景:尊氏は将軍で恩賞権を確保し、武士の棟梁。直義は裁判権を持ち、政治を担う。高師直は将軍の命令を実行する命令を出す権利を確保。直義と師直は仲が悪い。

第1ラウンド:直義with尊氏 VS 師直
尊氏はどっちつかずだが直義をかくまったりはしている。師直が反直義派を結集してクーデターに成功。
=>直義失脚。

第2ラウンド:尊氏+師直+義詮 VS 直義with南朝
直義の代わりに尊氏の子、義詮が参戦 直義は南朝を手を結び勢力復活
=>師直死ぬ。

第3ラウンド:直義 VS 尊氏+義詮with南朝
直義は天下を取るも、辛気臭い政治は支持を得られず。南朝とも決裂。尊氏が反直義派を糾合して、南朝に降伏するという荒業を繰り出す。
=>直義死ぬ

最後は、尊氏+義詮と南朝が決裂して北朝を再興。

本書を通読しても、足利尊氏の行動が自由すぎるというか、何を考えているのかさっぱりわからないままだった。学研の歴史学習漫画などを読み直してみたいところである。



 生命の分子レベル=>細胞レベル=>組織レベル=>個体レベルという階層構造が生成する(ある特定の機能を持つ単位(ユニット)が複数集まったら、そこになぜか秩序が生じてより高次な機能を持つ新たな階層が生じる)メカニズムの解明は生物学の根本的な課題である。意識とか言語などとも共同戦線を張りつつ、カオスとか、複雑系とか、創発とか、オートポイエーシスとか、システム生物学とか、キャッチ―なフレーズで一世を風靡する流行はいずれも、このメカニズムの解明に向けた試みであるといえる。また、いずれも自己言及系か、ユダヤ教が必ず登場し、なんだかいい線まで行くのであるが、最後は見事に問題を「正しく取り逃がし(by 吉岡洋)」、次の流行に道を譲る律義さも共通している。本書を読んで気づかされたのは、個体レベルの次は当然社会レベルなんだから、社会の起源を問う社会学こそ、なぜか秩序が生じる仕組みについてずっと考察してきた学問なんだという点である。なるほど社会学すごい。
 フーコーは晩年、非対称な権力批判する主体もまた権力を生み出す意識の構造を共有しているという隘路を乗り越えるために、ギリシャにさかのぼり「自己への配慮」という営みにある「パレーシア」という概念に注目したそうだ。これは率直な語り、真実を語ること、真理への勇気を意味するギリシャ語とのこと。これに対して、大澤真幸は批判的である。

『つまり、無垢で、原初的な告白は、近代的な権力への抵抗の拠点を与えるのでしょうか。(略)徹底した告白はだめだが、ほどほどの告白ならよい、といっているに等しいわけです。(略)たとえば今ここに、「極端な優等生」と「たまにはサボりはするがほどほど勉強もして、時々校則には違反するがおおむね順守している生徒」と、二種類いたとしましょう(略)後者に、権力を震撼させる力はあるでしょうか。もちろんそんなことはない。』

ここを読むと、夏目漱石の「虞美人草」を思い出さざるを得ない。恩師のご恩などなどから逃げて、世の中をうまく渡ろうと策を弄する利口な小野さんに、いつもふらふらしている宗近君がする『人は時々は真面目にならなくてはだめだよ』という説教である。

『真面目になれるほど、自信力の出る事はない。真面目になれるほど、腰が据わる事はない。真面目になれるほど、精神の存在を自覚する事はない。天地の前に自分が現存していると云う観念は、真面目になって始めて得られる自覚だ。真面目とはね、君、真剣勝負の意味だよ。やっつける意味だよ。やっつけなくっちゃいられない意味だよ。人間全体が活動する意味だよ。口が巧者に働いたり、手が小器用に働いたりするのは、いくら働いたって真面目じゃない。頭の中を遺憾なく世の中へ敲きつけて始めて真面目になった気持になる。安心する。』

『真面目と云うのはね、僕に云わせると、つまり実行の二字に帰着するのだ。口だけで真面目になるのは、口だけが真面目になるので、人間が真面目になったんじゃない。君と云う一個の人間が真面目になったと主張するなら、主張するだけの証拠を実地に見せなけりゃ何にもならない。……』

これを読むと、大澤真幸は小野さんサイドにおり、「真面目真面目といっても、口も手も動かしている点では、原理的にかわらないじゃん」と、真面目10%+利口90%と真面目98%+利口2%の違いは脇に置いて、宗近君に難癖をつけているように見えて面白かった。このように、社会学史には、量的な議論が一貫してかけている点が大変興味深い。社会は人間ががかなりの数集まらないと生成しないのは間違いなく、それがどれくらいなのかを見極める量的な議論も読んでみたい。

「社会学史」の最後では、上記の隘路を乗り越える原理として、新約聖書福音書部分に相当する「神の受肉」の可能性が議論させれる。それで、帰りの飛行機ではアーノンクール指揮のバッハ「マタイ受難曲」を通しで久しぶりに聞いてみた。ふらふらと放浪するイエスが「真面目とはね、君、真剣勝負の意味だよ。」をマジで実践し、神を冒涜した罪で処刑され、周囲の皆は「パレーシア」を感じたという話のようにも思えた。





2019年4月16日火曜日

スズキMotoGP勝利@オースティン

鈴菌に感染してもうすぐ20年、3年ぶりにスズキがMotoGPクラスで勝ちました。やった!
独走のマルケスがこけたのは運のうちとして、晴れのアメリカズGPの終盤にロッシをぶち抜いて勝ったわけですから文句なしの勝利といえるでしょう。今年はホンダがエンジンパワーを思いっきり上げてきたので、ヤマハ、スズキはストレートで太刀打ちできないのですが、今回のようなコーナーリングサーキットでは、勝ち目があり、現在のスズキはヤマハよりもタイヤにやさしく(=フレームがいい)。ヤマハには負けないエンジンのマシンが作れているようです。今年のシーズンも面白くなってきました。

2019年1月4日金曜日

先端研究

研究者たるもの最先端を目指すのが務めであります。20年来の宿願だった我が国における際立った先端である佐田岬半島の先端への到達に成功しました。本州最南端の佐多岬は2006年に到達しています。今後も先端研究に邁進する所存です。