新春読書

「The sentence is death」（アンソニー・ホロビッツ、Century）を読んだ。「メインテーマは殺人」の続編。離婚専門の弁護士が自宅で殺され、壁には犯人が残した"182"という謎のメッセージが、という好きな人にはたまらない設定でした。楽しむためにも"A study in scarlet"は事前に読んでおいたほうがいいでしょう。
「長渕剛論」「宮崎駿論」（杉田俊介、NHK出版、毎日新聞出版）を読んだ。著者の書いた「芸術家・椎名林檎は、2020年の東京五輪に何を「賭けて」いるのか」という記事の「椎名林檎はオリンピックで何をしたいのかさっぱりわからないが不穏だ」という話ににまったくその通りだと思ったので興味を持って読んでみた。
どうもこの著者は「作品を通じで自分を語る」タイプの評論家らしい。「長渕剛論」はいまこの時代に男性というジェンダーを引き受けることとは何か？という課題について、自分の思うところを長渕剛の読解を通じて語るというものだ。たしかに、現在の物語における父親の機能の可能性の論考としてなかなか楽しく読めた。さらに、途中から筆者の一人称が「僕」から俺に代わるのだ。「俺」が語る文芸評論としても空前絶後の画期的な到達だろう。杉田氏自身が本論を通じて主体の置き場所を微妙に変えていくのである。それと並行してジェンダーに関する論考が陥るポイント（男らしさに関する議論が人間らしさと直結してしまい、ジェンダーと関係なくなる）にはきっちり引っかかっているのが味わい深い。僕じゃなくて俺っていわないと、男の話だっていうのがわかんなくなっちゃうんだな。たぶん。さらに、また隣人にやさしくあるためにどうあらねばならないか、という問題の解決よりも、問題設定の枠組みそのものをかっこに入れるという、肩の力の抜けたおじさんの知恵と長渕剛的であることとの両立のほうがむつかしそうだなぁという感想をもった。
「宮崎駿論」は杉田氏のアプローチのわかりやすい限界を示していると思われる。杉田氏は、宮崎駿のアニメーション作品にも、自分とシンクロできる領域を探しており、本書では、ある領域ではシンクロできたという報告である前半（魔女の宅急便まで）と、自分がシンクロできてしかるべき領域が宮崎駿の作品で十分語られていないこと（マッチョな父親の居場所）を妙に、愚痴るという後半に分かれている。最初私は、杉田氏が「宮崎駿の雑想ノート」や「飛空艇時代」原作マンガを読んでいないのではないかと訝しんのだが（そんなことはなかったけど）、これらの漫画群をよむとすぐわかるように、宮崎駿のアニメーションは、杉田氏の考えるような物語作品（テーマがあり、主張があり、表現があり、オチがきちんとなるお話）ではまったくもってないような気がする。なんか悪ふざけしている爺ちゃんの面白いお話、くらいなもんだろう。たとえば『ポニョ』の本質となる絵である「ポニョ来る」というイメージボードの作画過程などをみると、宮崎駿がながいながい苦悩というか、有無の苦しみを経て、うーーーんと唸ってじたばたした後、書くべきものを見つけて、絵を書く時のノリノリな（この場合「ワルキューレの騎行を口ずさみながら）おっりゃーっ、ドドドドーっていう感じを、アニメーションを通じてわれわれも体験する、ということがまずは重要なのであって、それ以外のテーマとか、それらしい主張とか、お話としての整合性とか、きちんとオチるオチとかは、全部後付けのような気がする。

Ryzen 9 + Anaconda + numpy

Windows用AnacondaのnumpyはIntel Math Kernel Library(MKL)という数学演算ライブラリを利用している。というか、MKL以外のOpenBLASなどを使おうとするとすごく大変らしい（MacOSX, Linuxでは可能）。Windows用Anacondaのnumpyを用いると、演算のタスクを複数のコアに勝手に分散して高速化してくれる。しかし、parallel pythonなどで関数単位のジョブを複数のコアに分散させて並列計算する場合、1ジョブの演算タスクは１コア内で完結してくれないと困る。

こういう場合はmkl-service パッケージを使う
> conda install -c anaconda mkl-service


として、各コアに分散する関数の最初のほうに

import mkl
mkl.set_num_threads(1)

として、mklに最小のスレッド数を１にせよと指令を出すと１コア内で完結するようになる。

さらに問題なのは、AMDのRyzen 9 3900xを積んだPCでWindows用Anaconda＋numpyを利用するときである。PCを買ってから気づいたのだけど、Ryzen 9はIntelが開発しているMKLと大変相性が悪い。開発中のmfapyはnloptをソルバとして用いているので、

１．下記のように仮想環境mfapyを作成する。

> conda create -n mfapy -c conda-forge nlopt numpy scipy matplotlib

（現在python 3.8.0がインストールされます）

２．この記事を参考にmklの機能を止める

> conda install mkl -c intel --no-update-deps

さらに環境変数MKL_DEBUG_CPU_TYPEを設定する。

MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5

３．mkl-serviceモジュールを使用できるようにする。

> conda install -c anaconda mkl-service 

こうすると、上記のmkl.set_num_threads(1)を設定することで、演算タスクを

１コア内に完結できるようになる。

どうもRyzen上でも、mkl-serviceによるスレッド数制御は可能らしい。

一方、インテルcpuに特有の命令は２）の操作で殺すことができているようだ。

シラバスの使い方

大学改革の迷走 (佐藤 郁哉　ちくま新書) を読んだ。本書にも書かれているように、「私がアメリカの大学に留学した時はこうだった。」とか、「私が訪問したアメリカの大学ではこのような制度が、、」とか、「話によるとアメリカの大学では特許料の収入が、」などなどの、データに裏付けのない個人的経験に基づく価値判断が、大学改革への取り組みに大きく影響しているのは間違いない。本書においてまず最初に取り上げられるのはシラバスである。本書の筆者もまた、留学先で出会ったシラバスの教育効果に感銘を受け、アメリカ式のシラバスの実践を帰国後に自身でも行っているらしい。
一方、なぜ、アメリカの大学教育現場がシラバスを必要としているのかについての考察が全くないのが興味深い。日本の大学教育現場ではシラバスがないと絶対に困るとは言えない。一方、アメリカでは、シラバスをせっせと作らないと絶対に困る切実な理由が、大学教員にも学生にもきっとあるのではないかと思われる。
アメリカの大学では成績不振者をどんどん退学させるらしく、卒業率は60％程度である（落第すると別の大学に編入したり、就職したりするそうだ。また、お金が足りなくなったとか、あまりにも厳しくてやる気がなくなった。という退学理由も多いらしい。あと、5年6年かかって卒業する例も多いらしい）。このようなシビアな環境では、
・学生は効率的に勉強するために事前に、どのような内容なのか評価基準等について詳細な情報が記載されたシラバスが欲しい。
・良い成績が取れなかった時には、低い評価につながった理由などを教員に問い合わせるだろう。また、「シラバスの内容と実際のクラスの内容が異なっていた。」などの苦情を申し立てることもあるだろう。下手すると訴訟を起こしたりするかもしれない。
・教員が、このような苦情に対応していくには、教育内容および達成目標を明記し、評価基準を明確化する必要がある。あなたは○○という達成目標が達成できなかったので、落第です。と説明する責任を負わされている。
ようするに、「何とか卒業するための情報源としてのシラバス」「落第しそうになった時にケチをつける根拠としてのシラバス」「落第する学生の苦情から身を守るためのシラバス」だったら、まず間違いなく活用が進むだろう。その副次的な結果として高い教育効果が得られる場合があると考えるのが妥当な気がする。
一方、前提となる環境が全く異なる日本の大学では、アメリカの大学と同じスタイルのシラバスを運用する切実な理由はなさそうだ（ときどき成績に文句のある学生が、「私はシラバス通り勉強したつもりですが」という、本来のシラバスの利用法をおこなっているのを見る）。シラバスは、事前に何を教わるのかあらかじめ明記することが必要な、自動車教習所とか英会話学校のような場所では、有用であるのは間違いないだろう。一方、教育ができることを「事前に何を教わるのかあらかじめ明記」できることだけに制限してしまうというのが、シラバスの問題点であることも間違いない。

追記：という話をイギリス出身の方にしたら、そんなわけでもないけどね、、というコメントでした。この記事もまた、「データに裏付けのない個人的経験に基づく価値判断」なのでありましょう。反省。。

第164回 質量分析関西談話会／第17回 MSSJ質量分析技術者研究会プログラム

災害に強いマスづくり＆関西若手の活躍

日時：2019年11月23日（土）13時00分～

会場：島津製作所関西支社マルチホール （会場定員60名）

大阪市北区芝田1-1-4　大阪梅田 阪急ターミナルビル14階

電話06-6373-6522

（JR大阪駅ホーム北側に隣接するビルです。阪急17番街のエレベータで14階までお越しください。）

交通アクセス：https://www.shimadzu.co.jp/aboutus/company/access/kansai.html

多くの災害が起きています。人命を最優先とするのはもちろんですが、質量分析装置に被害が出るのも避けなくてはなりません。そこで、災害に強い環境の構築を目指して、最近の事例に学び、効果的な対策法の情報交換を行いたいと思います。また、関西若手のチャレンジの成果を皆さんと共有しましょう。多くの方の来聴を歓迎します。

講演プログラム：

災害に強いマスづくり

13:00～13:45：「北海道地震から得た教訓（仮）」

岡　征子（北海道大学創成研究機構）

13:45～14:30：「大阪北部地震の教訓、効果的な対策法の提案」

質量分析関西談話会、MSSJ質量分析技術者研究会、メーカーより話題提供

飛び入りの話題提供歓迎

14:30～15:00：「総合討論」

15:00～15:15：休憩

関西若手の活躍

15:15～15:55:「界面活性剤は難しい！」

　中野史保子（大阪府警科学捜査研究所）

15:55～16:35:「病院薬剤部にて質量分析をTDMに生かす：業務紹介と臨床現場ならではの問題点」

　新名主カオリ（国立研究開発法人　国立循環器病研究センター　薬剤部）

16:35～16:15：「プロテオミクス研究支援の現場から?面白い研究のためにできること」

　中川れい子（理化学研究所 生命機能科学研究センター）

参加費：無料

参加申込み：参加希望の方は、(1)氏名、(2)所属、(3)メールアドレス、(4)日本質量分析学会会員/非会員の別、(5) 託児の希望有無（日本質量分析学会会員のみ）を添えて、下記メールアドレスにお申し込みください。

kansai17_%_mssj.jp （送信の際は、_%_を@に変えてください）

関西談話会世話人代表　松田史生（大阪大学）

世話人：三宅里佳（大阪大学）、片木宗弘 （大阪府警）、松田　史生 （世話人代表、大阪大学）

Skylineの使い方 その８ リストを編集例

Skylineの使い方　その8　リストを編集例

ペプチド設定－＞修飾タブ
では内部標準に用いるペプチドの標識法を変更できます。でも画面上には、label：13Cしか表示されていない。あるいはなにも表示されていないことがあります。
Skylineには、様々な設定に「リストを編集」という機能が用意されており、
・裏に設定をたくさん用意してある。ユーザーも設定を追加できる。
・ダイアログに表示するリストには、そのなか選んだものだけ。
という機能を提供しています。

１．「ペプチド設定－＞修飾タブ」でlabel：13Cしか選べない＝＞すぐ右横の「リストを編集」。

２．「同位体修飾を編集」ダイアログが出るので、「追加」

３．「同位体修飾を編集」の「名前」の右端の下矢印をクリック

４．選択可能な修飾が表示されるので Label: 15N を選択

５． Label: 15Nがリストに追加されたので、「OK」

５． Label: 15Nがリストに追加されたので選択する。

Skylineの使い方 その７ 結果の書き出し

Skylineの使い方　その７　結果の書き出し

内部標準に安定同位体を用いて対象ペプチドを相対定量する。下記の図だと青が安定同位体標識ペプチド、赤が非標識ペプチド。この相対定量面積値を書き出してみる。

ファイル(F)
↓
エクスポート(E)
↓
レポート(R)
↓
ペプチド比率結果
↓
プレビュー(P)　で 結果の確認

↓
エクスポート ボタンでcsvファイルを出力できる。エクセルに読み込む。F列のデータが相対面積値。文字化け理由は不明

あとは各自頑張れ。

Skylineの使い方 その６ 測定データの読み込み

Skylineの使い方　その６　測定データの読み込み

Skylineでは大手ベンダーの測定データファイルを直接読み込めます

基本的な考え方は
１．タンパク、ペプチド、MRMを設定済みのSkylineドキュメントを作成する。
２．設定済みのSkylineドキュメントに測定データファイルをインポートする。設定したMRMが測定データファイルにある場合、MRMクロマトグラムが表示される。

１．タンパク、ペプチド、MRMを設定済みのSkylineドキュメントを開く

２．ファイル→インポート→結果で「結果をインポート」ダイアログを開く
下記の設定にしておく（細かい芸ができるようだが、無視）

３．読み込むファイルを複数選択する。

４．共通の文字列を削除したい場合はここで設定（便利）

５．データファイルの読み込み。少し時間がかかる。

６．うまく読み込まれるとクロマトグラムが表示される。