たとえば前述のコンセンサスMetabolite FeatureリストでMFID0001と定義されている、保持時間2.1分、m/z 205.15に観察される、MS/MSスペクトルMS2をもつMetabolite featureがトリプトファンであると同定され、Known-Knownになったとします。
このアノテーション情報をもとに、パスウェイへの投影とか、他のオミクス情報と融合して解析を行いたくなるわけですが、そのとき、MFID0001(保持時間 2.1 min, m/z 205.15, MS/MS MS2) になんて書けばいいでしょうか?トリプトファン、Trp?, tryptophan?, CAS?InChIKey?のどれがいいでしょうか?これが共通化されないと、統合解析なんて夢のまた夢です。でも、標準化はこれまで(努力はされましたが)ほとんど実現していません。なぜかというと、アノテーション法に以下のような技術的な課題があり、さらに問題の所在そのものがよく認識されていないからです。
- 化合物名をどのように記述するか?
- 部分同定しかできていないMetabolite featureをどのように記述するか?
- 化合物オントロジーシステムの管理
- 「同定した」とみなす基準とはなにか?コンセンサスをどのようにとるか?
以下何回かに分けてこれらの点について議論します。
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