SBmapの使い方その2 SBmapとは

SBmapとは大阪大学情報科学研究科バイオ情報計測学講座が作成した代謝マップです。研究室内での共有目的で、GitHub上にファイルを置いてあり、さらにめんどくさいのでPublicモードにしたのでどなたでも使用できることになりました。

https://github.com/fumiomatsuda/blankmaps

blankmapsレポジトリ

• オミクス解析データ可視化用の白地図です。
• GML フォーマットです。
• VANTED上で利用できます。
• Shimadzu Multi-omics Analysis Gadget Packで利用できます。
• α版ですので、間違いがまだたくさんあります。

これらのマップは大阪大学情報科学研究科バイオ情報計測学講座のメンバーが作成したものです。間違い等があると思いますので、各自の責任でご利用ください。間違いの報告は歓迎します。修正等は適宜行います。すべての共同研究者に感謝します。

SBmap01_primary metabolite

For Shimadzu LC/MS/MS Method Package for Primary Metabolites Ver. 2.

島津製作所阪大共同研究講座との共同研究の成果です。

More good-looking version is available Shimadzu webpage.

SBmap02_yeast MRM

For Shimadzu MRM Library for Metabolic Enzymes in Yeast

島津製作所阪大共同研究講座との共同研究の成果です。

SBmap03_medium

For Shimadzu LC/MS/MS Method Package for Cell Culture

島津製作所阪大共同研究講座との共同研究の成果です。

SBmap04_AspGluPro

Metabolic pathways related Asp. Glu, Pro biosynthesis

作者：松田史生＆バイオ情報計測学講座、支援：新学術領域「代謝アダプテーション」

SBmap05_SerGlyThr

Metabolic pathways related Ser, Gly, Thr biosynthesis

作者：松田史生＆バイオ情報計測学講座、支援：新学術領域「代謝アダプテーション」

SBmap06_gridmaps

新しくマップを作成する時につかう、整列済みのマップです。

SBmap07_cancer metabolism

がん細胞代謝研究用のマップです

作者：松田史生＆バイオ情報計測学講座、支援：新学術領域「代謝アダプテーション」

SBmap08_GCMSSmartDB

Shimadzu GCMSSmartDatabase用

島津製作所阪大共同研究講座との共同研究の成果です。

SBmap09_GCMSSmartDBonMap

Shimadzu GCMSSmartDatabase用

SBmap07_cancer metabolismに由来しています。

島津製作所阪大共同研究講座との共同研究の成果です。

SBmap10_bile acid

For Shimadzu LC/MS/MS Method Package for Bile Acids

作者：松田史生＆九州大学生体防御医学研究所馬場ラボ、支援：新学術領域「代謝アダプテーション」

sample_files

テスト用のダミーデータです。動作確認用にお使いください

ids

大阪大学情報科学研究科バイオ情報計測学講座で使用している化合物idのリストです。