SBmapの使い方その4 SBmapに埋め込まれたID情報を確認する方法

SBmapには、化合物情報の紐づけ用にID情報が埋め込まれています。今回はその確認方法を紹介します。

１．SBmapで直接確認する。
1-1．VANTEDでSBmapを開きます。例はSBmap08

1-2．見たい代謝物の箱（ノード）を左ダブルクリック
例はallo-Chenodeoxycholate
「Edit Label」のAnnotatationにIDが記入されています。




(CAS:15357-34-3)(HMDB:HMDB0000514)(text:allo_CDCA)(text:allo-Chenodeoxycholate)(text:Allo-chenodeoxycholic acid)(text:Allo 5beta-cholanic acid-3alpha,7alpha-diol)

IDが（）で括られて記入されています。

２．IDリストで確認する。
SBmapに埋め込まれたIDはIDs.txtというファイルのデータに由来します。

2-1　IDs.txt を入手する
https://github.com/fumiomatsuda/blankmaps
のidsの中にある。
2-2 エクセル、エディタ等でファイルを開いて確認する。
2 SBmap10 Chenodeoxycholate CDCA Chenodeoxycholate;Chenodeoxycholic acid;5beta-cholanic acid-3alpha,7alpha-diol 474-25-9 C02528 RUDATBOHQWOJDD-BSWAIDMHSA-N CHEBI:16755 HMDB0000518

等の記述から、ID情報を確認する。

IDリストに誤りを見つけた場合はご一報いただけると幸いです。かなりまだ間違いがあります。