Skylineの使い方 その５ LabSolutionとの連携

Skylineの使い方 5 LabSolutionとの連携

１．【Skylineの処理】
ファイル→エクスポート→トランジションリスト…

「トラジションリストをエクスポート」ダイアログの考え方

• シングルメソッド←全部ひっくるめて出力
• タンパク質毎の一つのメソッド←タンパク質毎に分割
• 複数メソッド←たとえは500チャンネルごとに分割。その際に「タンパク質を無視」するとあるタンパク質のチャンネルが２つに分割してもよい。

最大トランジション数 = 500　←例えばdwell time + pause time = 2msec で1 secに1点データを取りたい場合 1000/2 = 500 が最大トランジション数

メソッド = 1　←生成するメソッドファイル数を教えてくれる。
最適化 = 衝突エネルギーにしたほうがいい。
メソッドタイプ = 標準
実行時間(分)(D) = 90 ←LC側に合わせる

 OK でファイルが生成する。

2．【LabSolutionの処理】

LabSolutionの処理の考え方
既存のLCMSメソッドファイル(.lcm)に「化合物のインポート」でMRMの設定のみを読み込む。

・分析編集を開く
・既存のLCMSメソッドファイルを読み込む
・メソッドー＞化合物のインポート　Skylineから出力されたファイルを読み込む
・メソッドファイルに別名をつけて保存
・「ループタイム」等で調製

３．Q1ResolutionとQ3Resolution　の一括変更
Shimadzu8060ではQ1とQ3の分解能を両方Lowすると感度が10倍向上します。夾雑物ピークが増えるが気にしない。化合物のインポート前に
・Skylineから出力されたファイルをエクセルで開く
・Q1ResolutionとQ3Resolutionを１から2に変更
・セーブしてLabSolutionに読み込む。