第 15 回メタボロームシンポジウム in オンラインへのお誘い

第 15 回メタボロームシンポジウム in オンラインへのお誘い

第15回目を迎えますメタボロームシンポジウムを2021年10月14日～10月15日の２日間にわたり、オンラインにて開催いたします。メタボロミクスの勃興より10年以上が経過し、さまざまな領域での活用が本格化しています。そこで、本シンポジウムを医薬、がん、食品、植物、分野での最新の活用事例を知りつつ、その中核を担う計測、インフォマティクス技術の最新動向および未来について議論する場にしたいと考えております。また、コロナ禍での開催のため、完全オンラインで実施する計画です。是非多くの皆様のご参加をお待ちしております。

第 15回メタボロームシンポジウム実行委員長
大阪大学　福崎英一郎


開催概要
第 15 回メタボロームシンポジウム in オンライン
2021年10月14-15日

主催：第 15 回メタボロームシンポジウム実行委員会
共催：大阪大学先導的学際研究機構産業バイオイニシアティブ研究部門
日本生物工学会メタボロミクス研究部会
実行委員長 福崎英一郎 大阪大学大学院工学研究科 教授

参加費：一般 5000 円 学生：無料
参加登録　2021年 8 月 1 日から10月15 日
演題登録　2021年 8 月 1 日から 8 月 31 日

場所：オンライン
ポータルサイト上で開催

シンポジウムはZoom ウェビナーでリアルタイム配信
ポスターセッションはZoom Breakout roomで開催

詳細につきましては以下の URL をご覧ください
http://metabolome2021.com/



プログラム（作成中）

1日目（2021年10月14日（木））
セッション1　リピドミクス

座長：有田誠（慶應義塾大学），馬場健史（九州大学）

腸管寄生原虫“赤痢アメーバ”生体膜脂質の網羅解析と特徴的に検出された超長鎖セラミドの機能解明
見市文香（佐賀大学医学部分子生命科学講座免疫学分野）

定量リピドーム分析によるエクソソーム解析
和泉自泰（九州大学・生体防御医学研究所）


セッション2　食品
吉田聡（キリンホールディングス株式会社），及川彰（京都大学）

機械学習を用いた微生物培地の最適化
小西正朗（北見工業大学・工学部）

ビール発酵中のホップと酵母の相互作用の解析と応用
土屋友理（キリンホールディングス・飲料未来研究所）

日本酒の商品開発へのメタボローム解析の活用
霜鳥朝子（株式会社一ノ蔵・商品開発室）

セッション3　OTRI特別セッション
座長：福崎英一郎（大阪大学）

大阪大学先導的学際研究機構・産業バイオイニシアティブ研究部門とは
福崎英一郎（大阪大学・工学研究科）

酵素を使った医療・ヘルスケアのためのものづくり
境慎司（大阪大学・基礎工学研究科）

食多様性とヘルスプロモーション　-国内外のフィールド調査から
木村友美（大阪大学・人間科学研究科）

細胞の外側で代謝反応を駆動する
本田孝祐（大阪大学・生物工学国際交流センター）


セッション4　インフォマティクス
座長：金谷重彦（奈良先端科学技術大学院大学），有田正規（国立遺伝学研究所），津川裕司（東京農工大学）

質量分析データ解析プログラムMS-DIALの現状と課題
津川裕司（東京農工大学）

大規模ヒト血漿メタボローム解析における基盤構築と情報活用法について
三枝大輔（東北大学）

深層学習を用いた二次代謝物質の合成経路予測と活性予測
小野直亮（奈良先端科学技術大学院大学）

メタボロームデータの標準化と共有のための統合メタデータベース開発
福島敦史（理化学研究所）

ポスターセッション
オンライン懇親会


2日目（2021年10月15日（金））

セッション5　植物
座長：斉藤和季（理化学研究所），草野都（筑波大学）

トマトの着果時に活性化させる代謝経路と制御因子
有泉亨（筑波大学生命環境系）


マルチオミクス解析による農業生態系のデジタル化
市橋泰範（理研BRC）

同位体ラベル化二次代謝産物を用いたカタボリズム経路の解析－グルコシノレートから硫黄原子をリサイクルする代謝機構－
杉山龍介（Department of Pharmacy, Faculty of Science, National University of Singapore）


セッション6　医薬・フラックス
座長： 岡橋伸幸（大阪大学），杉本昌弘（東京医科大学），杉浦悠毅（慶應義塾大学）

細胞老化特有の代謝メカニズムを標的とした『Senolytics』療法の可能性
城村由和（東京大学医科学研究所 癌防御シグナル分野）

尿中ステロイド代謝物の一斉測定
中川央充（慶應大学病院 臨床検査科）

肝障害に伴う薬物腎臓動態変化に関わる臓器間相互作用
荒川大、河西巧、加藤将夫（金沢大学 医薬保健研究域 薬学系）

13C代謝フラックス解析法を用いた好中球の中心炭素代謝の解析
岡橋伸幸(大阪大学  大学院情報科学研究科   バイオ情報計測学講座）

セッション7　新技術・新動向
座長：三浦大典（産業技術総合研究所），小田吉哉（東京大学）

Oxygen Attachment Dissociationを用いた新たなノンターゲットリピドミクス解析システムの開発と応用
内野春希 (慶應義塾大学大学院)

スループットと信頼性の向上を志向した血清・血漿リピドミクス
徳岡涼美（東京大学大学院）

日本マイクロバイオームコンソーシアムの活動紹介とメタボローム測定への期待と課題
寺内淳（日本マイクロバイオームコンソーシアム）

セッション8　がん
曽我朋義（慶應義塾大学），平山明由（慶應義塾大学）

肝細胞癌メタボローム解析（仮題）
森根裕二（徳島大学　消化器・移植外科）

がんにおける核酸代謝制御機構の解明（仮題）
牧野嶋秀樹（国立がん研究センター）

低酸素膵臓がん細胞が分泌した細胞外小胞のメタボローム解析
早坂亮祐（慶應義塾大学　先端生命科学研究所）

ポスターセッション

若手勉強会「「実践メタボロミクスプロトコル集」の著者に直接日頃の悩みを相談しよう！」

セブンイレブンで現金支払いの不足をnanacoで払いたい

 今年の春ごろから、セブンイレブンのレジがよりセルフレジに近いものに、順次交換されている。店員さんが商品の入力を済ませると、あとは、お客が支払い方法を選び、店員を介さず、カードの処理、お金の投入＝＞おつりの処理、レシートの受け取りまでセルフで行う。大学の近くのセブンでは、「財布の小銭をまとめて投入すると、小銭をなるたけまとめて受け取る両替ができます」と手作りポップでアピールまでしている。最近は、電子決済が増えたので小銭を使う機会が減ったので、手元の小銭を速攻使い切って、財布はなるたけ軽くしたい。そこで、本日の買い物で手元の小銭をジャラジャラと全部、投入し、「あのー不足分をnanacoで払いたいんですけど」と申し出たところ、「あーできませんね。」の一言で撃沈。これができたら小銭を減らしに、コンビニで雑誌を買ったりしに行くようになると思うし、便利だと思うんだけどなぁ。なんでできないんでしょ？

あなたは私が騎士であると正しく信じることはないでしょう

「世界はありのままに見ることができない　なぜ進化は私たちを真実から遠ざけたのか」(ドナルド・ホフマン、青土社)を読んだ。意識の内部で認識する外部（世界）と実際の外部は一致するのか？という大昔に科学哲学の講義で聞いたネタを認知心理学の立場から切り込んでいくというものである。この話のカギは筆者が見つけた、Multimodal user interface (MUI) theoryで、これは、進化的ゲーム理論を使うと、意識の内部で認識する外部と実際の外部とを、一致させないように外部を認識する戦略が進化的に安定となる。というものである（この理論の詳細について本書で詳しい説明がないのは残念だ）。これはすごい面白い。本書はそこから、主に錯視の実際例をてんこ盛り挙げて、ほらほら真実って錯視かもという方向に話が行ってしまう。

この問題について、なぜ、筆者が様相理論の知見を活用しないのかがわからない。MUI理論の主張とは、「決定不能の論理パズル」（レイモンド・スマリヤン、白揚社）で取り扱う騎士と奇人の島における決定的な命題「あなたは私が騎士であると正しく信じることはないでしょう」に対応していると思われる。この命題を信じるとき一定の自意識を持つ推論者は自分が整合であると考えたとき、不整合になってしまう（矛盾する命題を信じることになる）ことが知られている。ここで肝心なのは、自分が整合であることを自分の内部で証明できないだけであって、外部から見ると整合なのは間違いない。つまり、ドナルド・ホフマンの主張「世界はありのままに見ることができない」そのものが、「あなたは私が騎士であると正しく信じることはないでしょう」という命題であり、彼の主張を受け入れると我々は不整合になるしかない。ということになる。

「善と悪のパラドックス ーヒトの進化と〈自己家畜化〉の歴史」（リチャード・ランガム, NTT出版）では、ヒトは反射的な攻撃衝動がすごく弱く、一方で計画的な攻撃衝動がすごく強いことに注目し、これらが、ヒトの進化の過程で起きた〈自己家畜化>によるものであることを指摘する。まず、キツネの飼育実験から、反射的な攻撃衝動が弱い個体を選択的に継代すると数十オーダーの世代で人懐っこい集団となり、同時にネオテニー（幼形成熟）の形質が現れることを紹介する。さらに、同一祖先から進化したチンパンジー（反射的な攻撃性大）とボノボ（反射的な攻撃性小）の比較から、ボノボは食料入手に非競争的な環境にいるため、進化の過程で反射的な攻撃衝動が強い個体を排除し、衝動が弱い形質が有利となる選択圧が生じたことから、特にメスの連携により粗暴なオスを排除することで〈自己家畜化〉が進み、その結果現在観察されるネオテニーにつながったと推論する。人類の特に骨の形態にはネオテニーの要素が非常に強く表れているので、ヒトも進化の過程で

・食料が入手などで競争的ではない環境にいて

・反射的な攻撃衝動が強い個体を排除するためのコミュニケーション能力（言語）を発達させ

・その結果自己家畜化した

のではなかろうかというのが筆者の主張である。なるほどーである。もしこれが本当なら、父殺しの神話（粗暴なオスの排除）が人間社会において普遍的な理由が説明できるかもしれない。さらに「言語の起源」（ダニエル・L・エヴェレット、白揚社）において、シンボルおよび言語の起源として推定された「返済することのできない負債」は婚姻関係によって生じるものであったが、婚姻関係とはずばり、集団内の安定化を図る手段である。ヒト進化の過程における婚姻を通じた利害関係の発生が、言語の発生をつよくドライブしたのかもしれない。

さらに、われわれの意識は、言語というか論理（推論）に強く制約されている。われわれは論理的に推論できることしか理解できない。興味深いのは「決定不能の論理パズル」で取り扱われる様相理論のように、「命題pは真か、偽のどちらかである」という2分法はだけは絶対に疑われないという点である。これは「私はこの集団の身内(p)か、身内じゃない排除すべき敵(not p)のどちらかである」という2分法に起因すると考えることできるかもしれない。この命題はシェファー・ストロークという結合子（|）を用いて、p|not pと書ける。これは、ｐとnot pは両立しないという意味である。さらにこの記号があると、他のすべて論理的結合子が生成できることが知られている。つまり身内か、身内じゃないのどちかかという2分法が、論理そのもの、われわれが認識できる世界の起源となっている可能性がある。

もう一つ、「反穀物の人類史――国家誕生のディープヒストリー」（ジェームズ・C・スコット、みすず書房）では、狩猟採集で非常に豊かだったチグリス、ユーフラテス川流域で〈自己家畜化〉してまで農耕技術を開発した理由が、最大の謎とされていた。しかし、狩猟採集で非常に豊かだった環境だったからこそ、上記の条件が一気にそろって、コミュニケーション能力（言語）の発達＝＞大規模共同作業としての農耕＝＞社会の発生がおきたんじゃないの？と考えることができるかもしれない。となると、人類を農耕に駆り立てたのは、みんなと協力すると楽しいという喜びか、あるいはみんなと協力しないとと排除される。という恐怖ということになるだろう。

 

Moonflower Murders ユウガオ殺人事件

 Moonflower Murders (Anthony Horowitz, Random House UK Ltd)を読んだ。前作カササギ殺人事件とは異なり、最初40%くらいまでは、地の分（Susan Ryelandパート）が続き、伏線がせっせと張られていくのであるが、最初はこの部分で力尽きしばらく放置していた。最近、やる気を復活し、最初のから再読、作中作の「Atticus Pund Takes the Case」のAtticus Pundによるwhodunitを楽しく満喫し、その後のSusan Ryelandパートのオチまで一気に読んだ。今回で結構、Susan＋クレタの設定を使い切ってしまったようにも思うのだが、本シリーズの次回作は何が起きるのだろうか。Atticus Pund はあと7作？もあるし。。それから、読み終わって（600ページもあるので大変なのだ）やらやれと思ったら、Hawthorneシリーズの10月にでる次回作「A Line to Kill: A Novel」の予告が。今回は南海の孤島ものらしい。楽しみである。

分析者のためのデータ解釈学入門 データの本質をとらえる技術

 分析者のためのデータ解釈学入門　 データの本質をとらえる技術（江崎貴裕、シソム株式会社）を読みました。本書が優れている点は、数理モデル（応答変数=f(説明変数)という関数）を作るには、理解志向型（データの背後にある現象のメカニズムを理解する）と応用志向型（予測やデータ生成などデータ活用を行う）という異なる方向性があること(p197)。さらに、分析の目的には、１データの記述・探索、２予測、３因果関係（p231）の3つがあり、それぞれ異なる分析のデザインを要求することが明確に述べられている点であります。

医薬品化合物の構造を説明変数、応答変数を活性として数理モデルを構築する研究を定量的構造活性相関研究(QSAR)といいます。藤田稔夫先生は、「藤田カンファレンス」という勉強会で、QSARの発表に対して、予測だけできてもあかんと、理解志向型のモデリングの重要性をしばしば指摘しておられたことを思い出します。そもそもQSARは、ある化合物の活性を正確に予測すること、目指した応用志向型の技術であります。技術者ではそれでいいのかもしれませんが、研究者は「活性がタンパク質に結合するという現象のメカニズム」を理解を目指しているのであり、それに資する数理モデルを駆使すべきです。本書は明確に「データの記述・探索」のスタンスから書かれています。

一方、近年、深層学習技術が発達して、予測に特化した応用志向型の技術が著しく進展しています。それは素晴らしいのですが、よくないのは、説明／予測をごっちゃにした話も増えていることです。

「100個くらいのデータからAIで予測モデルを構築し、さらに重要な説明変数を絞り込みます。」

とかいう話を聞いたら要注意です。また、この話を読んであまり不思議に思わない人は、本書を読んで勉強しましょう。

起源の神話を粉砕する

 起源の神話を粉砕する本を何冊か読んだ。

「負債論: 貨幣と暴力の5000年（デビッド・クレーバー）」が粉砕を目指すのは、経済学が説く貨幣の起源に関する神話である。昔々、物々交換の経済がありました。しかし、欲しいものと、余っているものとのマッチングが難しいです。そこで貨幣が登場して効率化できました。めでたしめでたし。というお話は、これまでのところ物々交換しかない社会が見つかったことがない。という点と、原始的な社会における貨幣が、人と人との関係を取り結ぶために用いられる、例えば婚姻における結納品のような役割を持っている、点で退けられる。貨幣とは「どうやっても支払い不可能である負債」存在することを示す証拠として贈られる。貨幣を渡して、相手にわびをいれ、負債のあることを認め、その解消に努めることを象徴するものとしての貨幣である。レヴィストロースの親族の基本構造では婚姻関係の規則が、社会構造を構築することを示したとされるが、その裏バージョンとして、負債が社会を構築しているとも言えることになる。さらに、婚姻関係は相当古いものなので、貨幣の期限も相当古く、「どうやっても支払い不可能である負債」という概念がシンボル化した段階で登場したのだろう。さらに、そこに暴力が介入すると、「どうやっても支払い不可能である負債」が奴隷によって支払われるようになる。借金のカタに家族が売り飛ばされるというやつですな。また、本書で問題になるのは、この世には返さなくてはならない借金と返さなくていい借金があり、それは、貸し手と借り手の非対称な力関係すなわち暴力が関わるという点を指摘する。経済学的な貨幣の起源論が隠したいのは、貨幣に必然的に付随する非対称性、暴力だったのである。

本書の面白い指摘としてアメリカ国債がある。現在アメリカは世界の各地に自分の基地を置いている。そういう国は歴史的に帝国と呼ばれる。アメリカは強大な軍事力の維持にドルを使っている。そのドルでアメリカ経済は外国（日本とか）から商品を買い、日本は取得したドルで、アメリカ国債を買っている。これって帝国への上納ってやつじゃないの？という指摘は非常に興味深い。

「言語の起源 人類の最も偉大な発明（ダニエル・エヴェレット）」が粉砕を試みるのは言語の起源、ヒトは10万年くらい前にFOXP2という遺伝子に起きた変異で言語を話すようになり、その言語の核心とはチョムスキーの生成文法がいうところの「再起」である。というお話である。ます、言語ができる前段階には、シンボルが必要であること、シンボルさえあれば、言語まではそれほど遠くないことが議論される。言語の存在を直接示す物的証拠はまず見つけられないが、シンボル（人の顔）の存在を示唆する化石なら、１００万年以上前のホモ・エレクトスの時代のものがあるらしい。さらにシンボルは芸術や文明にとって必須であり、シンボルがあるなら言語もそれに付随してあると考えられるのではないか、むしろ社会と言語の成立は切り離すことができるのか、という問題提起が行われている。また、「再起」がない言語の存在を示すことで、チョムスキーの生成文法というか言語＝文法という観点を完膚なきまでに粉砕しようとしている。

本書では最初のシンボルについて何も述べられていないが、「負債論」と組み合わせて考えるとするなら、それは「どうやっても支払い不可能である負債」であってもおかしくはなく、たとえば２０万年前のベレカット・ラムのビーナスは、そのシンボルとしての美術作品なのかもしれない。「言語の起源」は貨幣に関する言及を一切していない、負債については一瞬登場する。アマゾンの古い言語であるピダハン語の例で「私はあなたにバナナをあげる」「そうしていいよ」というもので、その説明としてあらゆる贈り物がお返しを前提にしており、バナナをあげるなら明日はあなたが私に何かくれるべきだという交換が前提にされている。という解説においてである。もしこの点を拡大解釈するなら、負債があるという感情が生じて、シンボル化することで、貨幣と言語が同時に生まれた。とも言えるのかもしれない。

「民主主義の非西洋起源について：「あいだ」の空間の民主主義（デビッド・クレーバー）」は書名のとおり、民主主義の起源はアテネにある。という通説を粉砕する。

まず、フランス革命やアメリカ独立宣言では共和制の構築が目指されていて、民主主義という用語すら存在しない。民主主義というアイデアは、文化と文化のあいだイロコイ族の連邦制度や、大西洋の海賊組織など、いろんな人びとが折り合いをつけてうまくやっていかなくてはならないときに生まれやすく、アメリカ合衆国憲法もそれを参考にした節があるが、もともとの支配層は、民主主義をやる気は全然なくむしろ嫌いだった（だって支配層だから）。その後、帝国主義的な国家の構築が進むと「民主主義」というタームが、市民の統治（人気取り）に都合がよいことに気づき、植民地支配の中で強化された可能性がある。こういう状況では、民主主義の正当化つすばらしい起源が必要となり、アテネの直接民主主義がそれにでっちあげられた。らしい。

これらを読んで思うことは、何かの起源について、現在の我々の常識や認識のフレームがそれを隠ぺいしてしまっている可能性がある。ということを疑ってかかる必要があるということである。生命の起源、代謝の起源。についても同様ではないか。

Python の DocstringをGithubで公開

 Python の DocstringをGithubで公開する方法

・Sphinxをインストール

conda install sphinx

・mfapyパッケージ内に

./docs

./htmlというフォルダを作る。

・公開したい（例：mfapy）パッケージ内で

sphinx-apidoc -F -o ./docs ./mfapy

という呪文を唱える ./mfapyのなかにモジュールのＰythonファイルが入っている。

・./doc/conf.pyを開き

# import os

# import sys

# sys.path.insert(0, 'C:\\Temp3\\mfapy\\mfapy_latest\\mfapy')

をコメントアウト

extensions = [

    'sphinx.ext.autodoc',

    'sphinx.ext.viewcode',

    'sphinx.ext.todo',

    'sphinx.ext.githubpages',

    'sphinx.ext.napoleon',

]

のように'sphinx.ext.githubpages'、'sphinx.ext.napoleon'拡張を追加

・次なる呪文

     sphinx-build -a ./docs ./html

を唱える。./html内にファイルができる。

・./html/index.htmlを開き

<!DOCTYPE html>

<html lang="en">

  <head>

    <base href="{{site.github.url}}" charset="utf-8"/>

となるよう<base href="{{site.github.url}}" charset="utf-8"/>を追加

・Githubに例えば./mfapy-document/のようなレポジトリを作成する。

・Githubにプッシュ

・できたレポジトリのsetting => GitHub PagesのSourceをmasterにしてSaveする

・うまくいくと

https://fumiomatsuda.github.io/mfapy-document/

のように表示される。

頑張ってDocstringを書こう。